Rekstur og bókhald
Forstjóri gengur frá fjárlagaáætlun ásamt greinargerð um verkefni í samráði við sviðsstjóra og skilar til innanríkisráðuneytisins eigi síðar en í febrúarlok ár hvert. Fjármálastjóri gengur frá endanlegri rekstraráætlun í desember ár hvert er fjárlög hafa verið samþykkt í samráði við forstjóra.
Um innkaup gilda lög nr. 94/2001 um opinber innkaup og reglugerð nr.1012 um viðmiðunarfjárhæð vegna opinberra innkaupa á Evrópska efnahagssvæðinu og samkvæmt samningi Alþjóðaviðskiptastofnunarinnar (WTO) um opinber innkaup. Nánar er fjallað um fjármál og rekstur Neytendastofu í gæðakerfi stofnunarinnar.
Bókhald
Neytendastofa notar fjárhags- og mannauðskerfi ríkisins við færslu bókhalds stofnunarinnar. Fjársýsla ríkisins hefur yfirumsjón með fjárhags- og mannauðskerfum fyrir allar A-hluta ríkisstofnanir. Á vef Fjársýslunnar er að finna nánari upplýsingar um framangreind kerfi.
Fjársýsla ríkisins og Skýrr hf. halda úti vefsetri þar sem er að finna yfirlit um innleiðingu, námskeið og ýmiss konar aðstoð vegna nýrra kerfa.